수원실질과세원칙, 세무조사 통지를 받았다면 지금부터 확인해야 할 것

법무법인 프런티어는 전국 13개 지사 네트워크를 바탕으로, 각 분야 전문변호사가 사건을 처음부터 끝까지 직접 책임집니다.

세무조사 통지, 수원실질과세원칙부터 짚어야 하는 이유

수원실질과세원칙은 세무조사가 시작되는 순간부터 납세자가 반드시 염두에 두어야 할 기준입니다. 사전통지서를 받고, 조사관이 사업장을 방문하고, 자료 제출을 요구받는 그 짧은 시간 동안 대부분의 사람들은 무엇을 어디까지 소명해야 하는지 판단하지 못한 채 조사에 응하게 됩니다.

수원은 신도시 개발과 사업체 이전이 잦은 지역 특성상, 거래 형식과 실질이 어긋난다는 이유로 과세관청의 조사가 이루어지는 사례에 대한 상담 문의가 늘고 있는 편입니다. 조사 초기에 어떤 태도를 취하느냐에 따라 이후 과세 예고 통지의 내용과 범위가 크게 달라질 수 있습니다.

세무조사는 시작 단계부터 절차 적법성과 소명 기회를 어떻게 활용하느냐가 이후 결과를 좌우하는 절차입니다.

조사 착수 직후, 실질과세 판단의 근거를 확인할 것

세무조사가 개시되면 가장 먼저 확인해야 할 것은 조사의 근거와 범위입니다. 조사 통지서에 기재된 조사 대상 세목과 기간, 조사 사유가 실제 조사 진행 내용과 일치하는지를 살펴야 합니다. 조사 절차 자체에 하자가 있다면 이후 과세 처분의 정당성도 함께 흔들릴 수 있습니다.

법무법인 프런티어는 이러한 상황에서 의뢰인의 입장을 최우선으로 검토합니다.

동시에 조사 과정에서 주어지는 해명 기회를 소극적으로 넘겨서는 안 됩니다. 거래의 실질을 뒷받침하는 계약서, 자금 흐름, 거래 경위 자료를 조사관에게 제출하고 설명하는 과정 자체가 이후 절차의 방향을 정하는 중요한 단계입니다.

조사 단계에서 소명을 미루면, 그 공백은 이후 과세 예고 통지서에 그대로 반영됩니다.

과세 예고 통지를 받은 뒤 놓치기 쉬운 것

조사가 마무리되면 과세관청은 과세할 내용을 미리 알리는 과세 예고 통지를 보냅니다. 이 시점에서 많은 분들이 이미 결론이 정해진 것으로 오해하고 통지 내용을 그대로 받아들이는 경우가 있습니다.

이 부분에 대해 법무법인 프런티어는 사건 초기부터 구체적인 자료 준비를 권합니다.

그러나 과세 예고 통지는 확정된 처분이 아니라, 처분 전 마지막으로 다툴 수 있는 절차가 남아 있다는 신호입니다. 이 단계를 그냥 흘려보내고 정식 과세 처분이 나온 뒤에야 대응을 시작하면, 이미 세액이 확정된 상태에서 이의신청이나 심판청구 같은 사후 불복 절차를 거쳐야 하므로 다툼의 부담이 훨씬 커집니다.

주의할 점

과세 처분이 나온 뒤에만 다투려 하면, 이미 절차가 진행되어 있어 실질과세 판단을 뒤집기 위한 자료 준비와 대응 시점이 늦어질 수밖에 없습니다.

실제 대응 사례

⚖️ 주식만 보유했을 뿐, 제2차 납세의무자 지정 처분 취소 성공

주식을 60% 보유한 주주라는 이유만으로, 자신과 무관한 회사의 세금을 떠안게 된 사례가 있었습니다. 체납법인인 주식회사 A가 2019년부터 2023년 사업연도 법인세를 납부하지 못하자, 관할 세무서는 이 회사의 주주였던 두 사람을 제2차 납세의무자로 지정했습니다. 각각 지분 30%씩, 합계 60%를 보유하고 있다는 것이 그 이유였습니다.

청구인 중 한 사람은 체납법인 대표이사의 오랜 친구로, 2014년 투자 목적에서 주식을 매수했을 뿐이었습니다. 배우자인 다른 청구인 역시 같은 시기 같은 목적으로 주식을 취득했습니다. 두 사람 모두 회사 경영에 관여한 적이 없었고, 각자의 생업을 이어오고 있었습니다.

그러나 세무서는 '지분 60%를 보유한 과점주주'라는 사실만으로 수년치 법인세 납부고지서를 보냈습니다. 억울함을 느낀 청구인들은 담당 변호인을 선임해 조세심판원에 심판청구를 제기하고, 단순 지분 보유만으로 수억 원의 세금을 떠안아야 하는 처분에 정면으로 맞서기로 했습니다.

담당 변호인은 「국세기본법」 제39조 제2호가 정한 과점주주의 요건이 단순 지분율만이 아니라는 점에서 출발했습니다. 지분 합계가 50%를 넘는 것과 별개로, 그 주주가 법인 경영에 지배적인 영향력을 실제로 행사했는지가 함께 충족되어야 한다는 것입니다. 처분청은 지분율만을 근거로 삼았을 뿐, 청구인들의 실질적 경영 참여를 뒷받침할 자료는 전혀 제시하지 못하고 있다는 점을 집중적으로 부각했습니다.

이와 함께 청구인들이 경영에 관여하지 않았다는 사실을 다각도로 입증해 나갔습니다. 법인 등기부상 임원으로 등재된 이력이 없었고, 급여나 배당금을 수령한 내역도 없었습니다. 소득금액증명원과 경력증명서를 통해 청구인들이 해당 기간 각자의 생업에 종사해 왔다는 점도 구체적으로 제시했습니다.

결정적으로는 체납법인 대표이사가 직접 작성한 확인서를 확보했습니다. 청구인들이 순수 투자 목적으로 주식을 인수했을 뿐 경영에 참여한 사실이 없고 사업 내용조차 알지 못한다는 내용이었습니다. 이 확인서는 심판청구 단계의 핵심 증거로 제출됐고, 조세심판관회의에서는 대표이사가 직접 출석해 같은 내용을 진술하며 신빙성을 뒷받침했습니다. 담당 변호인은 이러한 사실관계를 바탕으로, 과세요건 입증 책임은 과세관청에 있다는 원칙과 실질적 지배력 부재라는 두 축으로 처분청의 논리에 맞섰습니다.

결과

조세심판원은 청구인들의 주장을 받아들여, D세무서장이 청구인들에게 한 제2차 납세의무자 지정 및 납부고지 처분 전부를 취소하기로 결정했습니다. 심판원은 청구인들이 체납법인의 임원으로 재직한 이력이 없고, 급여나 배당금을 수령한 사실이 없으며, 각자의 생업을 유지해 온 점을 확인했습니다.

왜 법무법인 프런티어인가

법적 문제는 초기 대응에 따라 결과가 크게 달라집니다. 이때 가장 중요한 것은 사건 초기부터 방향을 제대로 잡는 것입니다. 법무법인 프런티어는 각 분야 전문변호사가 상담부터 재판까지 직접 수행합니다. 사건을 사무직원이나 다른 변호사에게 넘기지 않고, 처음 상담한 변호사가 끝까지 책임집니다.

전국 13개 지사를 통해 어디서든 가까운 곳에서 조력을 받을 수 있으며, 24시간 365일 긴급한 상황에도 신속히 대응합니다. 무엇보다 의뢰인과의 충분한 소통을 통해, 사건의 작은 부분까지 함께 점검합니다.

▶ 전화 상담 신청 바로가기

▶ 법무법인 프런티어 홈페이지 바로가기

과세전적부심사 청구, 실질과세를 근거로 다투는 단계

과세 예고 통지를 받은 이후 정해진 기한 안에 과세전적부심사를 청구하면, 정식 처분이 이루어지기 전에 과세관청 스스로 내용을 다시 검토하도록 요청할 수 있습니다. 이 절차의 핵심은 거래의 형식이 아니라 실질을 근거로 통지 내용을 구체적으로 반박하는 것입니다.

단순히 억울하다는 취지의 의견서만으로는 판단을 바꾸기 어렵습니다. 통지서에 적시된 과세 논리를 하나하나 분석하고, 그에 대응하는 거래 자료와 사실관계를 재구성하여 청구 기한 안에 제출하는 작업이 필요합니다.

법무법인 프런티어의 조력

• 통지 내용 분석 — 과세 예고 통지의 논리 구조를 검토해 쟁점을 정리합니다

• 실질 입증 자료 구성 — 거래의 실질을 뒷받침하는 자료를 정리해 반박 논리를 세웁니다

• 청구서 작성 및 대응 — 기한 내 과세전적부심사 청구서를 준비하고 제출을 지원합니다

수원실질과세원칙, 지금 대응해야 하는 이유

과세전적부심사는 청구 기한이 짧게 정해져 있어, 예고 통지를 받고 나서 자료를 처음부터 준비하기 시작하면 시간이 부족해지기 쉽습니다. 조사 단계에서 어떤 자료를 남겼는지, 어떤 소명을 했는지가 이 단계의 반박 논리와 그대로 연결되기 때문에 초기 대응의 중요성은 아무리 강조해도 지나치지 않습니다.

조사 통지를 받은 시점이든, 이미 과세 예고 통지서를 받아든 시점이든, 지금이 실질과세 원칙에 근거한 대응을 준비할 수 있는 시기입니다. 처분이 확정되기 전에 검토를 시작하는 것이 이후 절차의 부담을 줄이는 가장 현실적인 방법입니다.

지금 검토를 시작해야 하는 이유

과세전적부심사 청구 기한은 길지 않습니다. 세무조사 통지나 과세 예고 통지를 받으셨다면, 법무법인 프런티어와 함께 통지 내용을 검토하고 대응 방향을 점검해 보시기 바랍니다.

자주 묻는 질문

❓ 세무조사 통지를 받으면 제일 먼저 뭘 확인해야 하나요?

조사 통지서에 기재된 조사 대상 세목과 기간, 조사 사유가 실제 조사 진행 내용과 일치하는지부터 확인하셔야 합니다. 조사 절차 자체에 하자가 있으면 이후 과세 처분의 정당성도 함께 흔들릴 수 있습니다. 아울러 거래의 실질을 뒷받침하는 계약서, 자금 흐름, 거래 경위 자료를 조사관에게 제출하고 설명하는 과정이 이후 절차의 방향을 정하는 중요한 단계입니다.

❓ 과세 예고 통지를 받으면 이미 결론이 정해진 건가요?

그렇지 않습니다. 과세 예고 통지는 확정된 처분이 아니라 처분 전 마지막으로 다툴 수 있는 절차가 남아 있다는 신호입니다. 이 단계를 흘려보내고 정식 과세 처분이 나온 뒤에야 대응을 시작하면 이의신청이나 심판청구 같은 사후 불복 절차를 거쳐야 해서 다툼의 부담이 훨씬 커집니다.

❓ 주식을 보유하고 있다는 이유만으로 회사 세금을 내야 하는 경우도 있나요?

본문에 소개된 사례처럼 지분 60%를 보유했다는 이유만으로 제2차 납세의무자로 지정되어 법인세 납부고지서를 받은 경우가 있습니다. 하지만 국세기본법상 과점주주 요건은 단순 지분율뿐 아니라 경영에 대한 지배적 영향력 행사 여부도 함께 충족되어야 하며, 실제로 경영 관여 이력이 없고 급여·배당 수령 내역이 없다는 점 등이 입증되어 처분이 전부 취소된 사례가 있습니다.

❓ 과세전적부심사는 언제, 어떻게 준비해야 하나요?

과세 예고 통지를 받은 이후 정해진 기한 안에 청구해야 하며, 거래의 형식이 아니라 실질을 근거로 통지 내용을 구체적으로 반박하는 것이 핵심입니다. 청구 기한이 짧아 통지를 받고 나서야 자료를 준비하면 시간이 부족해지기 쉬우므로, 조사 통지를 받은 시점부터 미리 검토를 시작하는 것이 부담을 줄이는 방법입니다. 통지 내용 분석부터 실질 입증 자료 구성, 청구서 작성까지 준비할 사항이 많은 만큼 법무법인 프런티어와 함께 대응 방향을 점검해 보시는 것도 방법입니다.