과세전적부심사는 세무조사 결과통지나 과세예고통지를 받은 날부터 30일 안에 통지한 세무서장이나 지방국세청장에게 청구하고, 청구를 받은 기관은 국세심사위원회 심사를 거쳐 30일 안에 결과를 알려야 합니다(국세기본법 제81조의15 제2항·제4항). 청구한 부분은 결정이 나올 때까지 세금 고지가 미뤄지므로(국세기본법 시행령 제63조의15 제4항), 자료를 보태면 바로잡을 수 있는 사실관계 쟁점이라면 이 단계에서 다투는 편이 유리합니다. 과세관청의 해석 자체를 다투는 사건이나 처음부터 청구할 수 없는 사건은 고지서를 받은 날부터 90일 안에 이의신청·심사청구·심판청구로 바로 갑니다.

두 절차의 차이

과세전적부심사는 세금이 고지되기 전에 통지 내용이 맞는지 다시 보아 달라는 절차이고, 고지 뒤 불복은 이미 나온 처분의 취소를 구하는 절차입니다. 같은 쟁점이라도 어느 단계에서 다투느냐에 따라 기간과 납부 부담이 달라집니다.

과세전적부심사는 행정소송 전에 거쳐야 하는 절차가 아니어서, 받아들여지지 않아 고지가 나오면 심사청구나 심판청구를 다시 거쳐야 소송을 낼 수 있습니다(국세기본법 제56조 제2항). 세무서장에게 과세전적부심사를 청구했던 사건이라면 고지 뒤 이의신청은 관할 지방국세청장에게 해야 합니다(국세기본법 제66조 제1항 제2호).

과세전적부심사가 맞는 사건

• 조사 때 내지 못한 계약서·금융자료·장부를 보태면 사실관계가 달라지는 사건
• 필요경비 누락, 같은 거래의 중복 과세, 계산 착오처럼 숫자를 바로잡으면 끝나는 사건
• 여러 항목 가운데 일부만 다투는 사건. 결정도 일부 채택이 가능하고(국세기본법 제81조의15 제5항 제2호), 조기결정 신청도 통지 내용의 일부에 대해 할 수 있습니다(같은 조 제8항).
• 고지가 나오면 곧바로 납부 부담이나 체납 위험이 생기는 사건

청구가 받아들여지면 고지 자체가 나오지 않거나 줄어든 금액으로 나옵니다. 채택 범위를 정하는 데 사실 확인이 더 필요하면 재조사 결정을 하고, 통지한 세무서장이나 지방국세청장이 다시 조사해 통지 내용을 고쳐 알립니다(국세기본법 제81조의15 제5항 제2호). 국세청장의 유권해석을 바꾸거나 새로 해석해야 하는 사안, 청구금액이 5억원 이상인 사안 등은 국세청장에게 청구할 수 있습니다(국세기본법 시행령 제63조의15 제1항).

고지 뒤 불복으로 바로 가는 사건

• 국세청 예규나 기존 해석이 분명해서 과세관청 안에서는 결론이 바뀌기 어려운 사건. 국무총리 소속으로 독립해 일하는 조세심판원의 판단을 빨리 받는 쪽을 검토합니다(국세기본법 제67조).
• 세액이 커서 기다리는 기간이 곧 비용인 사건. 고지 전에도 법정납부기한 다음 날부터 납부고지일 전날까지 하루 10만분의 22의 납부지연가산세가 붙습니다(국세기본법 제47조의4 제1항 제1호, 국세기본법 시행령 제27조의4 제1항). 결정이 30일을 넘겨 늦어지면 늦어진 기간분 가산세의 50%를 감면하지만(국세기본법 제48조 제2항 제3호 가목), 정상 결정기간 안에 붙은 가산세는 그대로 남습니다.
• 처음부터 소송까지 갈 것이 분명한 사건. 과세전적부심사를 거쳐도 고지 뒤 심사청구나 심판청구를 다시 해야 하므로 전체 기간이 길어집니다.

이런 사건은 고지를 받고 세금을 먼저 낸 뒤 90일 안에 심판청구로 다투는 방법과 비교합니다. 불복해도 처분의 집행은 멈추지 않지만(국세기본법 제57조 제1항), 불복이 받아들여지면 낸 세금은 국세환급금에 국세환급가산금을 더해 돌려받습니다(국세기본법 제51조, 제52조).

청구할 수 없는 경우

다음 경우에는 과세전적부심사를 청구할 수 없어 통지 뒤 곧바로 고지가 나옵니다(국세기본법 제81조의15 제3항, 국세기본법 시행령 제63조의15 제3항).

• 국세징수법 제9조의 납부기한 전 징수 사유(체납으로 강제징수가 시작된 경우, 경매 개시나 파산선고, 법인 해산, 국세를 포탈하려는 행위 등)나 수시부과 사유가 있는 경우
• 조세범 처벌법 위반으로 고발하거나 통고처분하는 경우. 고발·통고처분과 관련 없는 세목이나 세액은 청구할 수 있습니다.
• 통지하는 날부터 부과제척기간 만료일까지 3개월 이하인 경우
• 조세조약 상대국이 상호합의 절차 개시를 요청한 경우, 불복이나 과세전적부심사의 재조사 결정에 따라 조사하는 경우

30일이 지나 청구하면 심사하지 않는다는 결정을 받습니다(국세기본법 제81조의15 제5항 제3호 가목). 결과통지서를 받은 날 통지일과 부과제척기간 만료일을 먼저 확인하고, 청구할 수 없는 사건이면 고지 뒤 90일 불복을 바로 준비해야 합니다. 30일 동안 준비할 서류는 과세전적부심사 청구 FAQ에, 고지 뒤 심판 절차는 조세심판청구 안내에 정리했습니다.

근거 법령

• 국세기본법 제47조의4, 제48조, 제51조, 제52조, 제56조, 제57조, 제61조, 제65조, 제66조, 제67조, 제68조, 제81조의15 (시행 2026. 10. 2.)
• 국세기본법 시행령 제27조의4, 제63조의15 (시행 2026. 7. 1.)
• 국세징수법 제9조 (시행 2026. 10. 2.)

이 글은 법무법인 프런티어 배정원 변호사가 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리했습니다. 실제 사건의 결과는 사실관계와 증거에 따라 달라지므로, 결과통지서를 받았다면 30일이 지나기 전에 어느 길로 갈지부터 정해 두시기 바랍니다. 조세 상담 010-8180-9575.