조세소송(과세처분 취소소송)은 국세청 심사청구나 조세심판원 심판청구를 거친 뒤, 그 결정 통지를 받은 날부터 90일 안에 처분을 한 세무서장 등을 피고로 삼아 피고 소재지를 관할하는 행정법원에 냅니다(국세기본법 제56조 제2항·제3항, 행정소송법 제9조 제1항, 제13조 제1항). 1심 판결에는 판결서를 송달받은 날부터 2주 안에 항소하고, 항소심 판결에도 2주 안에 대법원에 상고합니다(민사소송법 제396조, 제425조). 소송을 내도 고지된 세금의 집행은 멈추지 않으므로, 압류나 공매가 걱정되면 집행정지를 따로 신청해야 합니다(행정소송법 제23조).

소송 전에 거칠 절차

일반 행정소송은 행정심판을 거치지 않고 바로 낼 수 있지만(행정소송법 제18조 제1항), 국세 처분은 예외입니다. 국세기본법에 따른 심사청구나 심판청구와 그 결정을 거쳐야 소송을 낼 수 있고(국세기본법 제56조 제2항), 감사원 심사청구를 거쳤다면 이 절차를 거친 것으로 봅니다(같은 조 제5항). 세무서장이나 지방국세청장에게 하는 이의신청은 선택 절차여서, 이의신청만 하고 소송으로 갈 수는 없습니다.

• 결정이 늦어질 때: 심사·심판청구의 결정기간(청구를 받은 날부터 90일) 안에 결정 통지가 없으면 결정을 기다리지 않고 그 기간이 지난 날부터 소송을 낼 수 있습니다(국세기본법 제56조 제3항 단서).
• 재조사 결정 뒤의 처분: 심사·심판의 재조사 결정에 따라 처분청이 다시 한 처분은 심판을 다시 거치지 않고 처분 결과 통지를 받은 날부터 90일 안에 소송을 낼 수 있습니다(같은 조 제2항 단서, 제4항 제1호).
• 90일은 불변기간이어서 늘릴 수 없고(같은 조 제6항), 넘기면 처분이 위법한지 판단받지 못합니다.

단계별 기한

항소·상고 기간은 행정소송법에 따로 정한 것이 없어 민사소송법을 준용한 것입니다(행정소송법 제8조 제2항). 소송 중에 과세관청이 세액을 늘리는 경정을 하면 바뀐 처분에 맞추어 청구를 변경해야 하고, 변경된 청구는 전심절차를 거친 것으로 봅니다(행정소송법 제22조 제3항).

피고와 관할 법원

피고는 처분을 한 행정청입니다(행정소송법 제13조 제1항). 보통은 고지서를 보낸 세무서장이 피고가 되고, 심판청구를 기각한 조세심판원이나 국세청장이 피고가 되지는 않습니다. 취소소송은 원래의 부과처분을 대상으로 하고, 심판 결정 자체를 다툴 수 있는 것은 그 결정에 고유한 위법이 있을 때뿐이기 때문입니다(같은 법 제19조). 피고를 잘못 적었으면 피고경정을 신청할 수 있고, 허가되면 처음 소를 낸 때에 새 피고에게 소를 낸 것으로 봅니다(같은 법 제14조).

1심은 피고 소재지를 관할하는 행정법원이 맡습니다(같은 법 제9조 제1항). 행정법원은 지금 서울행정법원 한 곳뿐이어서, 다른 지역 세무서장이 피고이면 행정법원이 설치될 때까지 그 지역 지방법원 본원(춘천지방법원 강릉지원 관할 구역은 강릉지원)이 사건을 맡습니다.

1심부터 대법원까지

소장이 접수되면 피고 세무서장이 답변서로 처분 근거를 내고, 양쪽이 준비서면과 증거를 주고받은 뒤 변론을 거쳐 판결이 나옵니다. 법원은 필요하면 직권으로 증거를 조사하고, 당사자가 주장하지 않은 사실도 판단할 수 있습니다(행정소송법 제26조). 행정법원의 1심 판결에 대한 항소는 고등법원이 심판하고(법원조직법 제28조 제1호), 고등법원 판결에 대한 상고는 대법원이 종심으로 심판합니다(같은 법 제14조 제1호). 항소심까지는 사실관계를 다시 다툴 수 있지만, 대법원은 판결에 영향을 미친 법령 위반이 있는지를 중심으로 봅니다.

심판 단계에서 하지 않은 주장도 소송에서 할 수 있습니다. 대법원 판례는 과세처분 취소소송에서 다투는 대상을 그 처분으로 정한 세액이 정당한 세액을 넘는지로 보아, 납세자는 사실심 변론이 끝날 때까지 새 주장과 증거를 낼 수 있고, 과세관청도 처분의 동일성이 유지되는 범위에서 처분 사유를 바꾸거나 보탤 수 있다고 봅니다. 과세관청이 소송 중에 다른 근거를 들고 나올 수 있다는 뜻이므로 그 대비도 필요합니다. 법무법인 프런티어가 납세자를 대리한 제2차 납세의무 부과처분 취소소송에서는 금융거래 내역과 실제 운영자의 사실확인서, 관련자의 법정 증언으로 명의만 빌려준 사정을 입증했고, 서울행정법원이 처분 전부를 취소했습니다.

소송 중 세금 납부와 집행정지

취소소송을 내도 처분의 효력과 집행은 그대로입니다(행정소송법 제23조 제1항). 고지된 세금을 내지 않으면 가산세가 붙고 압류가 진행될 수 있습니다. 다만 소송이 계속 중인 국세의 체납으로 압류한 재산은 판결이 확정되기 전에는 원칙적으로 공매할 수 없고, 부패·변질되기 쉬워 빨리 팔지 않으면 가치가 줄어드는 재산만 예외입니다(국세징수법 제66조 제5항, 제67조 제2호).

처분의 집행으로 회복하기 어려운 손해가 생기는 것을 막을 긴급한 필요가 있으면 본안이 계속 중인 법원에 집행정지를 신청할 수 있습니다(행정소송법 제23조 제2항). 공공복리에 중대한 영향을 미칠 우려가 있으면 허용되지 않고, 신청하는 쪽이 이유를 소명해야 합니다(같은 조 제3항·제4항). 세금을 먼저 내고 소송에서 이기면 낸 세금은 국세환급금에 국세환급가산금을 더해 돌려받고(국세기본법 제51조, 제52조), 취소 판결이 확정되면 처분청은 그 판결에 따라야 합니다(행정소송법 제30조 제1항). 소송에서 자주 다투는 쟁점과 부과제척기간은 조세소송 안내에 정리했습니다.

근거 법령

• 국세기본법 제51조, 제52조, 제56조, 제61조, 제68조 (시행 2026. 10. 2.)
• 행정소송법 제8조, 제9조, 제13조, 제14조, 제18조, 제19조, 제22조, 제23조, 제26조, 제30조 (시행 2026. 5. 12.)
• 민사소송법 제396조, 제425조 (시행 2026. 10. 2.)
• 법원조직법 제14조, 제28조 (시행 2026. 10. 2.)
• 국세징수법 제66조, 제67조 (시행 2026. 10. 2.)

이 글은 법무법인 프런티어 배정원 변호사가 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리했습니다. 실제 사건의 결과는 사실관계와 증거에 따라 달라지므로, 심판 결정서를 받았다면 결정 통지를 받은 날부터 90일을 먼저 계산해 두시기 바랍니다. 조세 상담 010-8180-9575.