제2차납세의무는 법인이나 사업자가 세금을 낼 수 없을 때, 일정한 요건을 갖춘 과점주주나 출자자, 사업양수인 등에게 부족한 세액을 대신 납부하도록 하는 제도입니다(국세기본법 제39조 등). 문제는 이 지정이 실제 지분관계나 경영관여 정도와 무관하게 형식적인 주주명부만 보고 이루어지는 경우가 적지 않다는 점입니다. 명의만 빌려준 주주, 지분율 산정이 잘못된 경우, 경영에 실질적으로 관여하지 않은 특수관계인이라면 지정 요건 자체를 다투어 볼 수 있습니다.
조세 · 국세관련법: 국세기본법 제39조과점주주출자자 제2차납세의무
2차납세의무 | 어떤 경우에 제2차납세의무자로 지정되나요
제2차납세의무는 아무에게나 부과되지 않습니다. 국세기본법과 지방세기본법이 정한 요건을 충족해야 하고, 이 요건 중 하나라도 다툴 여지가 있으면 지정처분 취소를 구할 수 있습니다.
제39조 제2호
과점주주의 제2차납세의무
법인의 주주 또는 유한책임사원 중 그 법인의 경영을 사실상 지배하거나 과점주주에 해당하는 자는 법인이 납부하지 못한 국세에 대해 지분비율만큼 제2차납세의무를 집니다(국세기본법 제39조). 여기서 과점주주란 본인과 특수관계인의 소유주식 합계가 법인 주식총수의 100분의 50을 초과하면서 실질적으로 권리를 행사하는 자를 말합니다. 주주명부상 지분율과 실제 소유·행사 관계가 다르다면 이 부분이 첫 번째 쟁점이 됩니다.
제39조 제1호
무한책임사원의 제2차납세의무
합명회사 사원이나 합자회사의 무한책임사원은 그 지분율과 무관하게 법인의 국세에 대해 제2차납세의무를 부담할 수 있습니다(국세기본법 제39조 제1호). 다만 실제로 사원 지위를 상실했거나 등기와 실질이 다른 경우 이를 입증해 다툴 필요가 있습니다.
제40조
법인의 제2차납세의무(출자자 반대 구조)
반대로 출자자의 소유주식이 처분되기 곤란한 경우 그 법인이 출자자를 대신해 제2차납세의무를 지는 구조도 있습니다(국세기본법 제40조). 정관·주식 처분제한 여부와 자산가치 산정이 쟁점이 됩니다.
제41조
사업양수인의 제2차납세의무
사업을 양수한 자는 양도인의 국세 중 양수한 사업과 관련된 부분에 대해 양수한 재산가액 범위 내에서 제2차납세의무를 질 수 있습니다(국세기본법 제41조). '사업의 양수'로 볼 수 있는지, 양수재산가액을 어떻게 산정했는지가 실무에서 자주 다투어집니다.
요건이 충족되어도 다툴 여지가 남습니다
지분율이 50%를 넘는다고 곧바로 과점주주로 확정되는 것은 아닙니다. 경영에 대한 실질적 지배력, 특수관계인 해당 여부, 명의신탁 여부 등을 종합적으로 봐야 하므로 지정통지서를 받았다면 산정 근거 자료를 먼저 확인해야 합니다.
2차납세의무 | 과점주주 판단 — 지분비율과 명의는 다를 수 있습니다
과점주주 해당 여부는 주주명부상 지분율만으로 결정되지 않습니다. 실제 주식을 소유하고 권리를 행사했는지가 함께 판단됩니다.
지분비율 산정의 함정
특수관계인 지분을 합산해 50%를 초과하는지를 계산하는 과정에서, 이미 명의신탁이 해지된 주식이나 실제로는 타인에게 매도된 주식이 그대로 반영되는 경우가 있습니다(국세기본법 제39조). 등기·등록상 명의와 실제 소유관계가 다르다면 이 차이를 자료로 소명해야 합니다.
명의주주와 차명주식 문제
실질적으로 자금을 출자하지 않았고 배당이나 의결권 행사에도 관여한 적 없는 명의상 주주라면, 실질과세원칙에 따라 과점주주 지위를 다툴 수 있습니다. 다만 명의만 빌렸다는 사실은 주주 스스로 적극적으로 입증해야 하는 부분이라 자료 준비가 중요합니다.
특수관계인 범위의 오류
친족관계나 경제적 연관관계가 실제로는 소멸했는데 과거 자료를 근거로 특수관계인으로 묶여 지분이 합산되는 경우도 있습니다. 가족관계 변동, 거래관계 종료 시점 등을 정리해두면 지분비율 재산정을 요구할 수 있습니다.
2차납세의무 | 경영관여 정도 소명 — '사실상 지배'했는지가 관건입니다
지분비율이 50%를 넘더라도 회사 경영에 대한 실질적 지배력이 없었다면 과점주주로서의 책임 범위를 다투어 볼 여지가 있습니다.
이사·대표이사 미선임과 실질 지배력
등기부상 이사나 대표이사로 이름을 올리지 않았고 회사 운영에 관한 의사결정 회의에 참여한 적이 없다면, 이러한 사정은 경영을 사실상 지배하지 않았다는 정황으로 제시할 수 있습니다. 급여내역, 조직도, 결재라인 자료 등이 소명자료가 됩니다.
가족법인·소규모 법인의 특수성
가족 구성원 명의로 지분을 나눠 놓은 소규모 법인의 경우, 형식적으로는 여러 명이 과점주주 요건을 충족하는 것처럼 보이지만 실제 경영은 한 사람이 전담하는 경우가 많습니다. 이때 나머지 주주들은 경영관여 부재를 적극적으로 소명해 지정 대상에서 벗어나거나 부담 비율을 낮출 수 있는지 검토해야 합니다.
지정처분에 대한 불복 절차와 기간
제2차납세의무 지정통지를 받은 날부터 90일 이내에 이의신청, 심사청구, 심판청구 등 불복절차를 밟을 수 있습니다(국세기본법 제66조, 제61조). 이 기간을 넘기면 통지 자체를 다투기 어려워지므로 통지서를 받은 시점을 반드시 확인해야 합니다.
⚠ 불복 청구기간을 놓치면 다투기 어렵습니다
제2차납세의무 지정에 대한 이의신청·심사청구·심판청구는 처분이 있음을 안 날부터 90일 이내에 제기해야 합니다(국세기본법 제61조, 제66조). 기한이 지나면 실체적인 사유가 있어도 절차적으로 다투기 어려워질 수 있어 통지를 받으면 우선 날짜를 확인하는 것이 중요합니다.
2차납세의무 | 상담부터 불복절차 종결까지
1
통지서·과세근거 자료 확인 제2차납세의무 지정통지서와 함께 지분비율 산정 내역, 특수관계인 판단 근거를 먼저 확인합니다. 원처분청에 정보공개청구로 산정 근거자료를 요청할 수 있습니다.
2
지분·경영관여 사실관계 정리 실제 주식 소유관계, 명의신탁 여부, 이사회 참여내역, 급여지급내역 등을 통해 지분비율과 경영관여 정도에 관한 사실관계를 재구성합니다.
3
이의신청 또는 심사·심판청구 처분이 있음을 안 날부터 90일 이내에 이의신청, 심사청구, 심판청구 중 하나의 절차를 선택해 진행합니다(국세기본법 제61조, 제66조).
4
행정소송 제기 검토 불복절차에서 기각·각하되는 경우 결정통지를 받은 날부터 90일 이내에 행정법원에 취소소송을 제기할 수 있습니다(국세기본법 제56조).
5
납부·집행 관련 대응 다투는 동안 압류 등 강제징수가 진행될 수 있으므로 필요 시 집행정지 신청 등을 함께 검토합니다.
2차납세의무 | 비용은 어떻게 산정되나요
상담료 통지서와 과세근거 자료를 바탕으로 하는 초기 상담 비용입니다. 사안의 복잡도와 검토해야 할 자료의 양에 따라 달라집니다.
착수금 이의신청·심사청구·심판청구 또는 행정소송 중 어느 단계부터 진행하는지, 다투는 세액의 규모와 쟁점 개수에 따라 산정됩니다.
성공보수 지정처분이 취소되거나 부담 세액이 감액되는 결과에 따라 별도로 협의합니다. 결과를 보장하는 형태의 약정은 두지 않습니다.
실비 정보공개청구, 사실조회, 세무자료 분석을 위한 세무사·회계사 협업 비용 등이 별도로 발생할 수 있습니다.
※ 비용은 사건의 난이도와 구체적 사정에 따라 달라지며, 정확한 금액은 상담을 통해 안내해 드립니다. 특정 결과를 보장하지 않습니다.
2차납세의무 | 자가진단 체크리스트
1️⃣ 지정통지 초기 확인
제2차납세의무 지정통지서를 받은 날짜가 언제인가요?
지정 근거로 제시된 지분비율이 실제 주식 소유내역과 일치하나요?
특수관계인으로 합산된 사람들과의 관계가 현재도 유지되나요?
불복기간(90일) 만료일을 계산해 두셨나요?
2️⃣ 과점주주 요건 다툼
명의만 빌려준 주식이 지분비율 산정에 포함되어 있나요?
실제로 배당을 받거나 의결권을 행사한 적이 있나요?
주주명부와 실제 자금출자 내역이 일치하나요?
지분이 이미 처분되었는데 등기·등록이 갱신되지 않은 부분이 있나요?
3️⃣ 경영관여 정도 소명
회사의 이사·대표이사로 등기되어 있었나요?
경영상 의사결정 회의에 참석하거나 결재한 기록이 있나요?
급여나 직책 없이 명의상으로만 존재했다는 자료가 있나요?
가족법인의 경우 실제 경영을 전담한 사람이 따로 있나요?
4️⃣ 사업양수인 관련
양수한 사업과 관련된 국세인지 확인했나요?
양수한 재산가액이 어떻게 산정되었는지 통지서에 명시되어 있나요?
양도인과의 사업 동일성 여부를 다툴 사정이 있나요?
자주 묻는 질문
Q. 주식을 명의만 빌려준 건데도 제2차납세의무를 지나요?
A. 명의만 빌려주고 실질적으로 주식을 소유하거나 권리를 행사한 적이 없다면 실질과세원칙에 따라 과점주주 지위를 다툴 수 있습니다. 다만 명의신탁 사실은 주주 본인이 적극적으로 입증해야 하므로 자금출자 내역, 배당내역 등 자료를 준비해야 합니다.
Q. 지분율이 50%를 넘으면 무조건 과점주주로 지정되나요?
A. 지분비율이 50%를 초과해도 그 지분을 실질적으로 소유하고 권리를 행사했는지, 경영을 사실상 지배했는지가 함께 판단됩니다(국세기본법 제39조). 형식적 지분율만으로 지정되었다면 실질관계를 소명해 다툴 여지가 있습니다.
Q. 제2차납세의무 지정통지서를 받았는데 언제까지 다퉈야 하나요?
A. 처분이 있음을 안 날부터 90일 이내에 이의신청, 심사청구, 심판청구 등 불복절차를 제기해야 합니다(국세기본법 제61조, 제66조). 이 기간이 지나면 실체적인 다툴 사유가 있어도 절차적으로 각하될 수 있습니다.
Q. 가족 명의로 지분을 나눠 놓은 소규모 법인도 문제가 되나요?
A. 가족 구성원 여러 명이 지분을 나눠 가진 경우에도 특수관계인 지분을 합산해 50%를 초과하면 과점주주 요건을 충족할 수 있습니다. 다만 실제 경영에 관여하지 않은 구성원은 경영관여 부재를 소명해 지정 대상에서 벗어나거나 부담을 낮출 수 있는지 검토해볼 수 있습니다.
Q. 제2차납세의무로 부담하는 금액에도 한도가 있나요?
A. 과점주주는 자신의 지분비율에 해당하는 범위 내에서 제2차납세의무를 부담합니다(국세기본법 제39조). 지분비율 산정이 잘못되었다면 부담하는 금액도 달라질 수 있어 산정 근거를 확인하는 것이 중요합니다.
Q. 이미 퇴사하거나 지분을 처분한 후에도 책임을 지나요?
A. 국세 납세의무 성립 당시의 지분관계와 경영관여 여부가 기준이 되는 경우가 많습니다. 처분 시점과 국세 성립 시점의 선후관계, 실제 처분 여부를 증명할 자료가 있다면 이를 근거로 다툴 수 있습니다.
Q. 회사 경영에 전혀 관여하지 않았다는 것을 어떻게 입증하나요?
A. 등기부상 이사·대표이사 미등재 사실, 의사결정 회의 불참 기록, 급여 미지급 내역, 조직도상 직책 부재 등을 종합적으로 제시할 수 있습니다. 사안에 따라 입증 방법과 강도가 달라지므로 구체적 자료 검토가 필요합니다.
Q. 사업양수인으로 제2차납세의무를 지정받았는데 무엇을 다툴 수 있나요?
A. 양수한 사업이 양도인의 사업과 동일성이 있는지, 양수한 재산가액 산정이 정확한지, 해당 국세가 양수한 사업과 실제 관련이 있는지를 다툴 수 있습니다(국세기본법 제41조). 재산가액 평가방법에 오류가 있는 경우가 실무상 자주 문제됩니다.
Q. 인천 지역에서 제2차납세의무 지정을 다투려면 어떻게 준비해야 하나요?
A. 지정통지서, 주주명부, 정관, 배당·급여 내역 등 관련 자료를 먼저 정리한 뒤 인천 2차납세의무변호사와 함께 불복기간 내에 대응 방향을 정하는 것이 필요합니다. 세무자료 분석이 함께 필요한 경우가 많아 세무사와의 협업 여부도 확인해볼 수 있습니다.
Q. 이의신청과 심사청구, 심판청구 중 무엇을 선택해야 하나요?
A. 세 절차는 청구기관과 진행방식이 다르며 사안의 성격과 다투고자 하는 쟁점에 따라 선택이 달라질 수 있습니다. 어느 절차든 처분이 있음을 안 날부터 90일 이내에 제기해야 한다는 점은 동일합니다(국세기본법 제61조, 제66조).
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