기업 세무분쟁은 법인세 한 세목에서 끝나지 않습니다. 비용이 부인되면 법인세가 늘고, 그 돈이 대표자에게 갔다고 보면 대표자 상여로 소득처분되어 개인 소득세가 따로 나오며, 세금계산서가 문제되면 부가가치세 매입세액까지 공제받지 못합니다. 배정원 변호사는 국세청에서 국내외 대기업의 법인세 소송을 수행했고, 한 거래에서 이어지는 세목을 함께 보고 불복 순서를 정합니다.
부당행위계산 부인과 특수관계인 거래
법인이 특수관계인과 거래해 법인세 부담을 부당하게 줄였다고 인정되면, 과세관청은 그 거래와 관계없이 시가를 기준으로 소득금액을 다시 계산합니다(법인세법 제52조 제1항). 시가는 특수관계인이 아닌 사람 사이의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격입니다(같은 조 제2항).
- 대표자나 계열사에 자산을 시가보다 싸게 팔거나 비싸게 산 경우
- 특수관계인에게 업무와 관련 없이 돈을 빌려주고 이자를 받지 않거나 적게 받은 경우 (가지급금 인정이자)
- 용역 대가를 시가보다 낮게 받거나 높게 준 경우
다툼의 중심은 시가입니다. 비교 대상 거래가 정말 비슷한지, 감정가액이 적정한지, 그 거래에 경제적 합리성이 있었는지를 입증하면 부인을 막을 수 있습니다.
손금 부인과 소득처분
증빙이 없는 경비나 사업과 관련 없는 지출은 손금에서 빠지고, 익금에 산입하거나 손금에 산입하지 않은 금액은 귀속자에 따라 상여, 배당, 기타사외유출, 사내유보 등으로 처분됩니다(법인세법 제67조). 귀속자가 분명하지 않으면 대표자에게 상여로 처분하는 것이 실무여서, 대표자는 법인 세무조사 하나로 개인 종합소득세 문제까지 떠안게 됩니다.
법인이 받은 소득금액변동통지는 그 자체로 불복 대상입니다. 대표자 상여 처분을 다투려면 통지를 받은 법인이 기한 안에 불복해야 합니다.
부가가치세 매입세액 불공제
세금계산서를 받지 않았거나 받은 세금계산서의 필요적 기재사항이 사실과 다르면 매입세액을 공제받을 수 없습니다(부가가치세법 제39조 제1항 제2호). 사업과 직접 관련 없는 지출, 비영업용 소형승용차의 구입·임차·유지 관련 매입세액도 공제되지 않습니다(같은 항 제4호·제5호).
거래처가 폐업했거나 자료상으로 드러나 매입세액이 한꺼번에 부인되는 사건이 많습니다. 실제로 재화나 용역을 공급받았는지, 공급자 명의가 다르다는 사실을 몰랐고 모른 데 과실이 없었는지가 쟁점입니다.
법인 세무조사와 불복 순서
- 조사 단계: 조사 범위와 쟁점 거래 파악, 소명자료 제출
- 결과통지 뒤 30일: 과세전적부심사로 손금 부인과 소득처분을 함께 다툼
- 고지 뒤 90일: 법인세·부가가치세 심판청구, 소득금액변동통지 불복
- 결정 뒤 90일: 법인세 소송, 부가가치세 소송
법인세, 부가가치세, 대표자 소득세는 기한과 불복 대상이 서로 다릅니다. 한 번에 모든 세목의 기한을 표로 만들어 관리하지 않으면 하나를 놓치기 쉽습니다.
법인세·부가가치세 자주 묻는 질문
가지급금 인정이자는 왜 문제가 되나요?
법인세를 추징당하면 대표자도 세금을 내나요?
매입세액 불공제 처분은 어떻게 다투나요?
근거 법령: 법인세법 제52조, 제67조, 부가가치세법 제39조, 국세기본법 제56조, 제81조의15. 2026년 9월 18일 시행 법령 기준으로 작성했습니다. 이 페이지는 일반적인 법률 정보를 안내하기 위한 것으로 특정 사건에 대한 법률 자문이 아닙니다. 세법과 판례는 자주 바뀌므로 실제 대응은 처분서와 자료를 확인한 변호사와 상담한 뒤 정하시기 바랍니다.
