세무조사 대응, 장부·서류 일시보관 요구를 받았을 때: 동의 요건과 14일 반환 요청, 조사범위 확대 제한

세무공무원은 세무조사(조세범칙조사 포함)를 이유로 납세자의 장부·서류를 세무관서에 임의로 보관할 수 없습니다(국세기본법 제81조의10 제1항). 무자료·위장·가공거래 혐의처럼 법이 정한 사유가 있을 때만 납세자 쪽이 스스로 제출한 장부를 납세자의 동의를 받아 조사에 필요한 최소한의 범위에서 일시 보관할 수 있고, 이때 동의서를 받고 보관증을 내줘야 합니다(같은 조 제2항·제3항). 반환을 요청하면 14일 안에 돌려줘야 하며, 보관 기간 연장은 납세자보호위원회 심의를 거쳐 한 차례 14일 이내에서만 가능합니다(같은 조 제4항).

일시보관이 허용되는 경우

일시보관은 국세기본법 제81조의6 제3항에 적힌 사유가 있을 때만 할 수 있습니다. 정기선정 조사(같은 조 제2항)라는 사실만으로는 이 요건이 채워지지 않으므로, 세무공무원은 아래 가운데 어떤 사유로 보관하려는지 보관 전에 알려야 합니다(같은 법 시행령 제63조의11 제1항 제1호).

• 신고, 성실신고확인서 제출, 세금계산서·계산서의 작성·발급·제출, 지급명세서 제출 같은 납세협력의무를 이행하지 않은 경우
• 무자료거래, 위장·가공거래 등 거래 내용이 사실과 다른 혐의가 있는 경우
• 구체적인 탈세 제보가 있는 경우
• 신고 내용에 탈루나 오류 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우
• 세무공무원에게 직무와 관련해 금품을 제공하거나 그 제공을 알선한 경우

동의하기 전에 확인할 것

세무공무원은 보관 전에 보관 사유, 동의하지 않으면 보관할 수 없다는 점, 스스로 제출한 장부만 보관할 수 있다는 점, 요청하면 돌려받을 수 있다는 점을 알려야 합니다(국세기본법 시행령 제63조의11 제1항).

• 장부는 납세자뿐 아니라 장부를 가진 직원이나 보관자가 낼 수도 있지만, 보관에 대한 동의는 납세자에게 받아야 합니다(국세기본법 제81조의10 제2항).
• 조사 목적이나 조사 범위와 관련 없는 장부는 보관 대상에서 빼 달라고 요청할 수 있고, 세무공무원은 정당한 사유 없이 그 장부를 보관할 수 없습니다(국세기본법 시행령 제63조의11 제2항).
• 조사대상 세목과 과세기간의 세액 계산과 관련 없는 장부는 처음부터 제출을 요구할 수 없습니다(국세기본법 제81조의4 제3항).
• 보관증에 적힌 목록이 실제로 넘긴 자료와 같은지 대조하고, 넘기기 전에 사본을 남겨 둡니다.
• 업무에 계속 써야 하는 원본이라면 사본 제출로 대신할 수 있는지 먼저 협의합니다.

동의하지 않으면 일시보관은 할 수 없습니다. 다만 조세범칙조사에서는 영장에 의한 압수·수색이라는 별도 절차가 있으므로(조세범처벌절차법 제8조·제9조), 범칙 혐의가 걸린 사건이라면 그 가능성까지 따져 대응을 정합니다.

반환 요청과 기한

반환 요청은 날짜가 남도록 서면으로 하는 편이 좋습니다. 14일 기한이 그날부터 계산되기 때문입니다. 기한이 지나도 돌려받지 못하거나 조사 과정의 절차가 부당하다고 느끼면 납세자보호관에게 권리보호를 요청할 수 있습니다.

조사 범위가 넓어질 때

보관된 장부에 조사대상이 아닌 과세기간이나 세목의 자료가 섞여 있으면 조사 범위를 넓히는 단서가 될 수 있습니다. 법은 조사 진행 중의 범위 확대를 원칙적으로 막고, 다른 과세기간·세목·항목에 대한 구체적인 세금탈루 증거자료가 확인된 경우나 문제된 항목이 다른 과세기간에도 있어 같은 혐의가 의심되는 경우에만 넓힐 수 있게 합니다(국세기본법 제81조의9 제1항, 같은 법 시행령 제63조의10). 넓힐 때는 그 사유와 범위를 문서로 알려야 합니다(제81조의9 제2항).

연간 수입금액이나 양도가액이 100억원 미만(부가가치세 조사는 1과세기간 공급가액 50억원 미만)인 중소규모납세자는 범위 확대에 대해 조사 기간이 끝나는 날까지 세무서장이나 지방국세청장에게 조사 일시중지·중지 심의를 요청할 수 있고, 결과는 요청받은 날부터 20일 안에 통지됩니다(제81조의18 제2항 제3호, 제81조의19 제1항·제3항). 그 밖의 납세자에 대한 범위 확대는 납세자보호위원회의 심의 사항입니다(제81조의18 제2항 제2호, 조세범칙조사는 제외). 장부를 넘기기 전에 목록을 조사대상 과세기간으로 좁혀 두는 것이 범위 확대를 막는 첫 단계입니다. 조사 전체의 흐름은 세무조사 대응에 정리했습니다.

근거 법령

• 국세기본법 제81조의4, 제81조의6, 제81조의9, 제81조의10, 제81조의18, 제81조의19 (시행 2026. 10. 2.)
• 국세기본법 시행령 제63조의10, 제63조의11 (시행 2026. 7. 1.)
• 조세범처벌절차법 제8조, 제9조 (시행 2026. 10. 2.)

이 글은 법무법인 프런티어 배정원 변호사가 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리했습니다. 실제 사건의 결과는 사실관계와 증거에 따라 달라지므로, 장부를 넘기기 전에 보관 사유와 목록부터 확인해 보시기 바랍니다. 조세 상담 010-8180-9575.