세무공무원은 세무조사(조세범칙조사 포함)를 이유로 납세자의 장부·서류를 세무관서에 임의로 보관할 수 없습니다(국세기본법 제81조의10 제1항). 무자료·위장·가공거래 혐의처럼 법이 정한 사유가 있을 때만 납세자 쪽이 스스로 제출한 장부를 납세자의 동의를 받아 조사에 필요한 최소한의 범위에서 일시 보관할 수 있고, 이때 동의서를 받고 보관증을 내줘야 합니다(같은 조 제2항·제3항). 반환을 요청하면 14일 안에 돌려줘야 하며, 보관 기간 연장은 납세자보호위원회 심의를 거쳐 한 차례 14일 이내에서만 가능합니다(같은 조 제4항).
일시보관이 허용되는 경우
일시보관은 국세기본법 제81조의6 제3항에 적힌 사유가 있을 때만 할 수 있습니다. 정기선정 조사(같은 조 제2항)라는 사실만으로는 이 요건이 채워지지 않으므로, 세무공무원은 아래 가운데 어떤 사유로 보관하려는지 보관 전에 알려야 합니다(같은 법 시행령 제63조의11 제1항 제1호).
- 신고, 성실신고확인서 제출, 세금계산서·계산서의 작성·발급·제출, 지급명세서 제출 같은 납세협력의무를 이행하지 않은 경우
- 무자료거래, 위장·가공거래 등 거래 내용이 사실과 다른 혐의가 있는 경우
- 구체적인 탈세 제보가 있는 경우
- 신고 내용에 탈루나 오류 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우
- 세무공무원에게 직무와 관련해 금품을 제공하거나 그 제공을 알선한 경우
동의하기 전에 확인할 것
세무공무원은 보관 전에 보관 사유, 동의하지 않으면 보관할 수 없다는 점, 스스로 제출한 장부만 보관할 수 있다는 점, 요청하면 돌려받을 수 있다는 점을 알려야 합니다(국세기본법 시행령 제63조의11 제1항).
- 장부는 납세자뿐 아니라 장부를 가진 직원이나 보관자가 낼 수도 있지만, 보관에 대한 동의는 납세자에게 받아야 합니다(국세기본법 제81조의10 제2항).
- 조사 목적이나 조사 범위와 관련 없는 장부는 보관 대상에서 빼 달라고 요청할 수 있고, 세무공무원은 정당한 사유 없이 그 장부를 보관할 수 없습니다(국세기본법 시행령 제63조의11 제2항).
- 조사대상 세목과 과세기간의 세액 계산과 관련 없는 장부는 처음부터 제출을 요구할 수 없습니다(국세기본법 제81조의4 제3항).
- 보관증에 적힌 목록이 실제로 넘긴 자료와 같은지 대조하고, 넘기기 전에 사본을 남겨 둡니다.
- 업무에 계속 써야 하는 원본이라면 사본 제출로 대신할 수 있는지 먼저 협의합니다.
동의하지 않으면 일시보관은 할 수 없습니다. 다만 조세범칙조사에서는 영장에 의한 압수·수색이라는 별도 절차가 있으므로(조세범처벌절차법 제8조·제9조), 범칙 혐의가 걸린 사건이라면 그 가능성까지 따져 대응을 정합니다.
반환 요청과 기한
| 상황 | 기한·내용 | 조문 |
|---|---|---|
| 납세자가 반환을 요청 | 요청한 날부터 14일 안에 반환 | 국세기본법 제81조의10 제4항 본문 |
| 조사 목적 달성에 필요하다며 연장 | 납세자보호위원회 심의를 거쳐 한 차례만 14일 이내 | 국세기본법 제81조의10 제4항 단서, 제81조의18 제2항 제5호 |
| 조사에 지장이 없다고 판단 | 요청한 장부를 즉시 반환 | 국세기본법 제81조의10 제5항 |
| 반환하면서 사본을 보관 | 사본이 원본(전자화문서 포함)과 다름없다는 서명·날인 요구 가능 | 국세기본법 제81조의10 제6항 |
| 반환을 요청하지 않은 경우 | 조사를 종결할 때까지 모두 반환 | 국세기본법 시행령 제63조의11 제3항 |
반환 요청은 날짜가 남도록 서면으로 하는 편이 좋습니다. 14일 기한이 그날부터 계산되기 때문입니다. 기한이 지나도 돌려받지 못하거나 조사 과정의 절차가 부당하다고 느끼면 납세자보호관에게 권리보호를 요청할 수 있습니다.
조사 범위가 넓어질 때
보관된 장부에 조사대상이 아닌 과세기간이나 세목의 자료가 섞여 있으면 조사 범위를 넓히는 단서가 될 수 있습니다. 법은 조사 진행 중의 범위 확대를 원칙적으로 막고, 다른 과세기간·세목·항목에 대한 구체적인 세금탈루 증거자료가 확인된 경우나 문제된 항목이 다른 과세기간에도 있어 같은 혐의가 의심되는 경우에만 넓힐 수 있게 합니다(국세기본법 제81조의9 제1항, 같은 법 시행령 제63조의10). 넓힐 때는 그 사유와 범위를 문서로 알려야 합니다(제81조의9 제2항).
연간 수입금액이나 양도가액이 100억원 미만(부가가치세 조사는 1과세기간 공급가액 50억원 미만)인 중소규모납세자는 범위 확대에 대해 조사 기간이 끝나는 날까지 세무서장이나 지방국세청장에게 조사 일시중지·중지 심의를 요청할 수 있고, 결과는 요청받은 날부터 20일 안에 통지됩니다(제81조의18 제2항 제3호, 제81조의19 제1항·제3항). 그 밖의 납세자에 대한 범위 확대는 납세자보호위원회의 심의 사항입니다(제81조의18 제2항 제2호, 조세범칙조사는 제외). 장부를 넘기기 전에 목록을 조사대상 과세기간으로 좁혀 두는 것이 범위 확대를 막는 첫 단계입니다. 조사 전체의 흐름은 세무조사 대응에 정리했습니다.
근거 법령
- 국세기본법 제81조의4, 제81조의6, 제81조의9, 제81조의10, 제81조의18, 제81조의19 (시행 2026. 10. 2.)
- 국세기본법 시행령 제63조의10, 제63조의11 (시행 2026. 7. 1.)
- 조세범처벌절차법 제8조, 제9조 (시행 2026. 10. 2.)
이 글은 법무법인 프런티어 배정원 변호사가 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리했습니다. 실제 사건의 결과는 사실관계와 증거에 따라 달라지므로, 장부를 넘기기 전에 보관 사유와 목록부터 확인해 보시기 바랍니다. 조세 상담 010-8180-9575.
