조세심판원은 심판청구를 받은 날부터 90일 안에 각하, 기각, 인용, 재조사 가운데 하나로 결정합니다(국세기본법 제80조의2에서 준용하는 제65조 제1항·제2항). 인용 결정은 처분청을 기속하므로 처분청은 결정 취지에 따라 즉시 처분을 고쳐야 하고(국세기본법 제80조), 각하나 기각 결정을 받았다면 결정 통지를 받은 날부터 90일 안에 행정소송을 내야 합니다(국세기본법 제56조 제3항). 재조사 결정이 나오면 처분청이 60일 안에 다시 조사해 처분하고, 그 처분에 대해서는 다시 심판청구를 하거나 바로 소송을 낼 수 있습니다.
조세심판원은 심판청구를 결정하려고 국무총리 소속으로 둔 기관입니다(국세기본법 제67조 제1항). 예전 이름인 국세심판원은 2008년 2월 29일 공포·시행된 국세기본법 개정(법률 제8860호)으로 조세심판원이 되었고, 그때 진행 중이던 심판청구 사건도 그대로 이어졌습니다.
결정의 종류와 다음 할 일
| 결정 | 뜻 | 다음 할 일 |
|---|---|---|
| 각하 | 청구기간이 지났거나 보정 요구에 응하지 않는 등 청구가 적법하지 않아 내용을 판단하지 않은 결정 | 각하 사유가 맞는지부터 확인하고, 다툴 여지가 있으면 결정 통지를 받은 날부터 90일 안에 소송 |
| 기각 | 청구가 이유 없다고 본 결정 | 결정 통지를 받은 날부터 90일 안에 행정소송 |
| 인용 | 처분의 전부나 일부를 취소하거나 세액을 고치는 결정 | 처분청의 취소·경정과 환급 확인, 일부 인용이면 남은 부분은 90일 안에 소송 |
| 재조사 | 취소·경정 범위를 정하려면 사실 확인이 더 필요해 처분청에 다시 조사하게 하는 결정 | 60일 안의 재조사 결과 통지 확인, 그 처분에 다시 심판청구 또는 소송 |
결정서에는 주문과 이유, 심리에 참석한 조세심판관의 이름이 적혀 청구인과 세무서장에게 송달됩니다(국세기본법 제78조 제5항). 소송 기한은 이 결정 통지를 받은 날부터 셉니다. 청구기간을 넘겨 각하되었다면 적법한 전심절차를 거치지 않은 것이 되어 소송에서도 처분의 위법을 판단받기 어렵습니다. 결정서에 잘못 적힌 부분이나 계산 착오가 분명하면 결정의 경정을 구할 수 있습니다(국세기본법 제80조의2에서 준용하는 제65조의2).
인용 결정의 효력
심판 결정은 관계 행정청을 기속하고, 결정이 있으면 해당 행정청은 결정 취지에 따라 즉시 필요한 처분을 해야 합니다(국세기본법 제80조 제1항·제2항). 대법원 판례도 이 기속력 때문에 처분청은 인용 결정에 불복해 소송을 낼 수 없다고 봅니다. 납세자로서는 인용된 범위에서 다툼이 끝나는 셈입니다.
- 조세심판원은 청구한 처분 말고 다른 처분을 취소·변경하거나 새 처분을 결정할 수 없고, 청구한 처분보다 청구인에게 불리한 결정도 할 수 없습니다(국세기본법 제79조).
- 인용 결정에 따라 처분이 취소·경정되면 이미 낸 세금은 국세환급금으로 돌려받고 국세환급가산금이 더해집니다(국세기본법 제51조, 제52조).
- 일부만 인용되었다면 받아들여지지 않은 부분은 기각된 것과 같으므로, 결정 통지를 받은 날부터 90일 안에 그 부분의 소송을 검토합니다.
재조사 결정 뒤 절차
재조사 결정이 나오면 처분청은 재조사 결정일부터 60일 안에 결정서 주문에 적힌 범위에서만 조사하고, 그 결과에 따라 처분을 취소·경정하거나 필요한 처분을 해야 합니다(국세기본법 제80조의2에서 준용하는 제65조 제5항). 이 기간에도 조사를 연기하거나 기간을 연장하거나 중지할 수 있습니다. 재조사 결과 청구인의 주장과 확인된 사실관계가 다르거나 주장을 확인할 수 없으면 처분청은 당초 처분을 그대로 둘 수 있고(국세기본법 제65조 제6항, 국세기본법 시행령 제52조의3 제2항), 어느 경우든 그 결과를 서면으로 알려야 합니다(국세기본법 시행령 제52조의3 제1항).
재조사 뒤의 처분에 대해서는 두 길이 있습니다.
- 재조사 결정을 한 조세심판원에 다시 심판청구를 합니다(국세기본법 제55조 제5항 단서). 그 결정 통지를 받은 날부터 90일 안에 소송을 낼 수 있습니다(국세기본법 제56조 제4항 제2호).
- 심판을 다시 거치지 않고 처분 결과 통지를 받은 날부터 90일 안에 바로 행정소송을 냅니다. 60일의 처분기간(조사 연기·연장·중지 기간 포함) 안에 통지를 받지 못했다면 그 기간이 지난 날부터 소송을 낼 수 있습니다(국세기본법 제56조 제2항 단서, 제4항 제1호).
결정이 늦어질 때
결정기간 90일에는 보정 요구에 따라 청구서를 고치는 기간이 들어가지 않습니다(국세기본법 제80조의2에서 준용하는 제65조 제4항). 결정기간이 지나도록 결정 통지를 받지 못했다면 결정을 기다리지 않고 그 기간이 지난 날부터 행정소송을 낼 수 있습니다(국세기본법 제56조 제3항 단서). 결정을 기다리기로 했다면 나중에 결정 통지를 받은 날부터 90일 안에 소송을 내면 됩니다. 어느 쪽을 택할지는 쟁점이 심판 단계에서 풀릴 여지가 있는지, 체납과 압류 부담이 얼마나 큰지에 따라 정합니다. 심판 절차 전반은 조세심판청구 안내에, 소송 기한은 조세 행정소송 기한 FAQ에 정리했습니다.
근거 법령
- 국세기본법 제51조, 제52조, 제55조, 제56조, 제65조, 제65조의2, 제67조, 제78조, 제79조, 제80조, 제80조의2 (시행 2026. 10. 2.)
- 국세기본법 시행령 제52조의3 (시행 2026. 7. 1.)
- 국세기본법 개정 법률 부칙 (법률 제8860호, 2008. 2. 29. 공포·시행)
이 글은 법무법인 프런티어 배정원 변호사가 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리했습니다. 실제 사건의 결과는 사실관계와 증거에 따라 달라지므로, 심판 결정서를 받으면 결정의 종류와 송달일부터 확인해 다음 기한을 정해 두시기 바랍니다. 조세 상담 010-8180-9575.
